教育部日前公布高等教育深耕計畫第二期（109-111年）審查結果，中興大學核定經費為4億3582萬元，經費排名為國內第五，僅次於臺大、成大、清大、陽明交大，表現亮眼。
教育部107年推動「高等教育深耕計畫」，中興大學當時即獲補助3.52億元，經費排名全國第六，連年成效績優，每年均獲教育部增額補助，108年經費增至4.03億元，109年經費增為4.34億元，110年經費增為4.35億元，獲補助經費提升至全國排名第五。
興大高教深耕計畫推動項目，包含全校性的教學創新、發展學校特色、提升高教公共性、善盡社會責任、國際重點領域五大面向，以及三個特色領域研究中心，分別為前瞻植物生技研究中心、永續農業創新發展中心、鳥禽遺傳資源暨動物生技研究中心。
在「落實教學創新及提升教學品質」部分，於基礎力、跨域力、創新力及專業力等面向制定相關策略。經計畫執行後，學生基礎能力顯著提升，建置跨域學習環境有成，校內形成創新教學新能量，創造創發學習氛圍且體現於學生職涯競爭力之提升。
在「發展學校特色」部分，檢視自我定位及發展基礎，於產學合作、國際化、研究能量及優勢特色等面向制定相關策略。經計畫執行後，已深化產學合作，打造與國際接軌之教研環境，聚焦研究能量及人才培育任務，並強化利用興大農生及智慧機械強項領域。
在「提升高教公共性」部分，於就學協助機制、合宜生師結構、生師權益保障及校務研究系統等面向制定相關策略。經計畫執行後，經濟或文化不利學生學習成效提升、生師比逐年下降、落實生師權益保障、達重要辦學資訊公開透明化及校務研究資料庫成功建置。
在「善盡大學社會責任」部分，以高教深耕校務發展特色為基礎，結合農業、生科、獸醫與智慧機械等強項領域及九大學院不同領域專才師資，建構大學社會責任發展藍圖。經計畫執行後，已建置組織結構有效整合校內組織與鏈結校外資源、帶動師生參與USR、受教育部肯定，連兩年獲USR博覽會重要獎項、增加數門實作創新課程，實踐大學社會責任初步有成。
興大USR發展藍圖為「打造中台灣為健康環境智慧城市」，現有1組深耕型計畫、1組萌芽型計畫、5組USR Hub團隊及數組種子團隊，致力於協助周邊社區發展、流浪動物關懷與原鄉文化傳承。深耕型「浪愛齊步：流浪動物減量與福祉實踐」計畫成立全台首座流浪犬貓專用醫療室，協助解決臺灣流浪犬貓因經費不足所造成的醫療困境。萌芽型「清流部落賽德克族風華再現」計畫以綠能里山、數位鄉鎮、原鄉創生、國際價創為推動目標，串聯落部、學校與各界資源，打造國際永續部落，為後疫情時代價值重建與地方創生提供可參照的模式。
在「國際重點領域」部分，於與國際頂尖農業標竿學校合作、發展學院特色、推廣新南向國際農業發展、提升優勢農業特色領域、強化國際學術參與及培育與延攬國際優秀專業人才等面向制定相關策略。經計畫執行後，農業生技與動植物之國際重點領域，成就已接近美國「加州大學戴維斯分校(UCD)」及「德州農工大學(TAMU)」等標竿學校，全面提升本校國際學術影響力，培育具國際觀與競爭力之人才。
「前瞻植物生技研究中心」結合葉錫東院士、楊長賢國家講座教授、賀端華院士以及玉山學者Dr. W. Gruissem組成堅實研究團隊，推動前瞻作物基因體及功能性基因分析研究及其應用。三大研究主軸包括蘭花、水稻、植物防禦功能性基因體研究，多項技術獨步全球。
「永續農業創新發展中心」結合楊秋忠院士、黃振文副校長、林俊良講座教授以及陳樹群特聘教授，整合校內外農、工、理、生科、人文等跨領域專家學者優勢組成研究團隊，以最前瞻技術及設備應用於農業發展，以達循環經濟、生態平衡、經濟發展及節能減碳之永續農業，四大研究主軸包含循環農業、新穎材料農業、設施農業、生態農業。
「鳥禽遺傳資源暨動物生技研究中心」結合陳全木院長、劉宏仁特聘教授、李宗翰特聘教授、陳志峰特聘教授以及鍾正明、李文雄、Robert Reisz國內外院士組成堅實研究團隊，推動前瞻鳥禽演化保種及動物功能性基因體研究及其應用，三大研究主軸包括動物生技研發、模式動物平台建構、鳥禽遺傳資源開發。
興大創校百年，為中部首屈一指具有優勢特色之研究型綜合大學。連年執行深耕計畫後，在各面向皆已達成或超越預設目標，成效卓越。未來將規劃更完善具體之執行措施，以更精進教學創新全面優質化，高教公共化，社會責任與貢獻全面化，人才國際化、特色及重點研究領域之成就世界領先，以達下一個百年深耕，世紀躍升之新願景及長遠目標。